La mayoría de las empresas de Mercabarna se agrupan en asociaciones empresariales o gremios.
De hecho, las grandes decisiones que afectan al funcionamientos de la Unidad Alimentaria las toman siempre de forma conjunta la dirección de Mercabarna y las diferentes asociaciones empresariales. Este mecanismo otorga fuerza a las decisiones que se toman y favorece su cumplimiento.